，雖然PEEK本身被認為是生物相容性，但并非完全無害。一直植入體內也許會引發局部炎癥反應或免疫系統異常激活。這是因為就算是經過篩選聚合物，于生產過程中也也許會殘留微量單體或其他添加劑，這些物質有也許滲出并引起過敏或毒性效應。
當PEEK部件因磨損而引發微小顆粒時，這些顆粒也許積聚于組織中，導致慢性炎癥甚至影響周圍器官功能。這種狀況尤其要注意，因為于骨科手術中使用PEEK制成人工關節或脊柱固定裝置，隨著時間推移都不可避免會有一定程度表面磨損。
另外，對于從事PEEK加工行業工人來說，如果防護措施不到位，則存于吸入PEEK粉塵風險。這類粉塵也許刺激呼吸道，嚴重時可造成肺部損傷。因此，于進行相關作業時必須佩戴適當個人防護裝備，并確保工作環境通風優良。
盡管PEEK作為一種領先醫用材料有著諸多優勢，但仍需謹慎對待其潛于安全隱患。無論是作為患者還是從業人員，知道這些風險因素對于保障自身健康至關很大。和此同時，生產商應連續優化生產工藝，減少有害物質殘留，并加強對最終產品質量控制，以最大限度降低任何也許存于健康威脅。
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